1、包含范围不同
在建工程包括固定资产发生的日常修理费、大修理费用、更新改造支出、房屋的装修费用等。
而开办费包括法律费用、发起人费用以及取得执照的费用，投资各方为筹建企业进行了调查、洽谈发生的差旅费、咨询费、招待费等支出。
2、核算方法不同
在建工程与承包企业办理工程价款结算时，按补付的工程款，借记本科目，贷记“银行存款”、“应付账款”等科目。
而开办费对费用内容应设置明细账，进行明细核算，正确归集。严禁将应当由本期负担的借款利息、租金等费用和应当计入固定资产价值的费用计入开办费用。
3、认股权证和股份期权不同
贷款余额等的行权价格低于当期普通股平均市场价格时，应当考虑其稀释性。 计算统账结合，作为分子的净利润金额不变；
而待收金额的调整项目为按照本准则第十条中规定的公式所计算的增加的普通股股数，同时还应考虑时间权数。 当期发行认股权证或股份期权的，普通股平均市场价格应当自认股权证或股份期权的发行日起计算。
参考资料来源：
开办费包括筹建期人员工资、办公费、培训费、差旅费、印花税、注册登记费、经投资人确认由企业负担的进行可行性研究所发生的费用、其他与筹建有关的费用。开办费是指企业在筹建期间发生的费用。
【法律依据】
《中华人民共和国印花税暂行条例》第三条
纳税人根据应纳税凭证的性质，分别按比例税率或者按件定额计算应纳税额。具体税率、税额的确定，依照本条例所附《印花税税目税率表》执行。
应纳税额不足1角的，免纳印花税。
应纳税额在1角以上的，其税额尾数不满5分的不计，满5分的按1角计算缴纳。
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