生物医学工程学科实力很强的大学主要有东南大学、华中科技大学、上海交通大学、清华大学、北京航空航天大学、浙江大学、四川大学、北京大学、天津大学、复旦大学、华南理工大学等。
目前教育部门并没有发布权威的生物医学科学专业大学排名，但是公布了基础医学学科大学排名情况，生物医学科学是基础医学类的下属专业。其中，北京大学、北京协和医学院被评为A+，复旦大学A，上海交通大学等4所高校被评为A-.
生物医学工程专业大学排名榜前三如下――
1、东南大学
东南大学，简称东大，位于江苏省省会南京市，是中央直管、教育部直属的副部级全国重点大学，建筑老八校及原四大工学院之一，国家“211工程”、“985工程”首批重点建设的大学，是“卓越工程师教育培养计划”、“卓越医生教育培养计划”、“2011计划”、“111计划”入选高校，“卓越大学联盟”、“中俄工科大学联盟”、“中欧工程教育平台”主要成员。
2、上海交通大学
上海交通大学，简称“上海交大”，位于中国直辖市上海，是中华人民共和国教育部直属并与上海市共建的“综合性、研究型、国际化”全国重点大学，也是国家“985工程”、“211工程”重点建设院校，入选“珠峰计划”、“111计划”、“2011计划”、“卓越医生教育培养计划”、“卓越法律人才教育培养计划”、“卓越工程师教育培养计划”、“卓越农林人才教育培养计划”。
3、华中科技大学
华中科技大学，简称华中大。是中华人民共和国教育部直属的综合性全国重点大学，中央直管副部级高校，国家“985工程”、“211工程”、“2011计划”重点建设高校，“卓越工程师教育培养计划”、“卓越医生教育培养计划”、“111计划”、“”入选高校，是21世纪学术联盟、中俄工科大学联盟、中欧工程教育平台、七校联合办学、国家海外高层次人才创新创业基地等成员。
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