2004年福建工程学院在福建省新建本科院校中率先启动重点学科建设工程,遴选了10个优势明显、与地方经济结合紧密的学科为校级重点建设学科。2007年交通信息工程及控制、材料加工工程、机械电子工程、岩土工程、结构工程等5个学科被批准为福建省新建本科院校重点建设学科。
我校现有本科专业39个,涵盖工学、经济学、管理学、文学、理学、法学六大学科。国家级特色专业为土木工程专业;省级特色专业为土木工程、机械设计制造及其自动化、工程造价专业;校级特色专业为土木工程、机械设计制造及其自动化、工程造价、电气工程及其自动化、计算机科学与技术、建筑环境与设备工程、法学、材料成型及控制工程。
今年我校新增的本科专业为公共事业管理,实行文理兼招,招生计划90人。
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学校全面加强学科建设，按照强化基础学科，突出优势学科，扶持新兴学科的思路，对原有学科布局进行了优化和重组。建成凝聚态物理、分析化学、文艺学3个省重点扶持学科，确定理论物理、基础数学等10个学科为校级重点建设学科，设立了辽金文学、应用化学等十多个研究所和一批科研及教学研究室，很好地保证并促进了学科科研及教研工作的开展。为学校的专业建设、课程建设和人才培养奠定了坚实的基础。
为了更好地适应地方经济建设和学校自身发展的需求，学校在原有本科专业的基础上新增了采矿工程、土木工程、工商管理、临床医学、护理学、农学等本科专业，本科专业由原来的21个增加到35个。建成汉语言文学、英语、数学与应用数学、物理学、化学、体育教育 6 个校级品牌专业，基础化学、电子技术2个省级示范实验室，建成校级精品课程16门，其中1门为省级精品课程。
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