单位预算会计通过预算收入、预算支出和预算结余三个要素，全面反映单位预算收支执行情况。预算会计恒等式为“预算收入－预算支出＝预算结余”。单位预算会计采用收付实现制。
为了保证单位预算会计要素单独循环，在日常核算时，单位应当设置“资金结存”科目，核算纳入部门预算管理的资金的流入、流出、调整和滚存等情况。根据资金支付方式及资金形态，“资金结存”科目应设置“零余额账户用款额度”、“货币资金”、“财政应返还额度”三个明细科目。年末预算收支结转后“资金结存”科目借方余额与预算结转结余科目贷方余额相等。
（二）单位财务会计
单位财务会计通过资产、负债、净资产、收入、费用五个要素，全面反映单位财务状况、运行情况和现金流量情况。反映单位财务状况的等式为“资产－负债＝净资产”会计核算原则，反映运行情况的等式为“收入－费用＝本期盈余”，本期盈余经分配后最终转入净资产（累计盈余）。财务会计实行权责发生制。
单位对于纳入部门预算管理的现金收支业务会计核算原则，在采用财务会计核算的同时应当进行预算会计核算；对于其他业务，仅需进行财务会计核算。
对于单位受托代理的现金以及应上缴财政的现金所涉及的收支业务，仅需要进行财务会计处理，不需要进行预算会计处理。
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